Ao habilitar um tema, vou perder algum dado de produto, cliente ou pedido de minha loja?

Não, os temas se adequam a tudo que você já tem configurado e configurará, eles são apenas uma camada de personalização, todos os dados de sua loja serão integralmente mantidos. Como categorias, sub-categorias, produtos, variações de produtos, logotipo e etc.